推荐以下用户使用该试剂盒:
- 希望使用混样测序来降低每个样本测序价格
- 需要使用无PCR扩增的混样建库方法来保留其他信息(如碱基修饰)
- 要求短时间内制备文库
- 实验室设备有限
当单个样本所需的数据量小于单个测序芯片所能生成的数据总量时,则可以使用条形码标签或 混样文库测序:它允许用户将多个样本混合,并同时进行测序,从而更有效地使用测序芯片。
将多个样本在一个测序芯片上进行混样测序可以降低用户每个样本的测序成本。以下为部分样例:(**注:表中的数字仅代表消耗品的基本参考价格)
无条码 | 6个条码 | 12个条码 | |
测序芯片价格 | 500美元 | 500美元 | 500美元 |
文库价格 | 99美元 | 99美元 | 99美元 |
条码价格 | - | 25美元 | 50美元 |
每个样本的价格 | 599美元 | 104美元 | 54美元 |
快速条码试剂盒(Rapid Barcoding Kit)包含简单的两步操作,在提取gDNA后,可在10分钟内生成条码测序文库。试剂盒包含一个转座酶,可同时切割模板分子并将条码标签附加到切割末端:试剂盒中有12个独特的条码标签。混合带有条码标签的样本后,将快速测序接头(Rapid Sequencing Adapters)添加到标记的末端。
快速条码试剂盒详情:
特征 | 性质 |
制备时间 | 10分钟 |
起始样本要求 | 400ng的高分子量基因组DNA(gDNA)(大于30kb) |
是否需要PCR | 否 |
片段化 | 基于转座酶 |
读长 | 随机分布,取决于输入片段长度 |
产生读长类型 | 1D |
典型通量* | ••• |
相关实验方案 | 快速条码试剂盒(Rapid Barcoding Kit) 芯片清洗试剂盒(Flow Cell Wash Kit) |
包装规格 | 6个反应 |
稳定性 | 运输温度:2–8°C 长期储存温度:-20°C |
兼容性 | 测序芯片: FLO-MIN106 FLO-MIN107 |
该试剂盒已针对其简单性和快捷性进行了优化,优化并不针对获得最大通量。尽管需要转座酶进行DNA片段化,但由于工作流程简单,以及对样本处理需求小(如仅有极少的移液步骤以及无需纯化),使用此试剂盒仍可以得到较长的读长。然而,若需在测序中观察到长读长,则起始样本中必须存在长片段。
在使用快速条码试剂盒构建大肠杆菌(E.Coli)文库时观察到的典型读长长度直方图
该工作流程无需PCR,因此可以消除PCR扩增偏好性,保留碱基修饰信息,可以利用Nanopore Community开发的工具对这些信息进行分析。
利用Albacore和EPI2ME能够对条形码标记的测序数据进行去卷积(或反卷积,deconvolution)分析,通过对条形码序列进行分类,并将读长分类到其对相应的文件夹中。
进一步考虑:
快速条码试剂盒推荐使用的gDNA总起始量为400 ng。该试剂盒已经针对含有长片段(> 30 kb)的样本进行了优化。若添加的样本起始量少于400ng,或使用更短片段的样本时,有可能会影响测序通量和读长长度。对于只有少量起始材料的样本,可选择使用低起始样本扩增条码试剂盒(Low Input by PCR Barcoding Kit)和快速低起始样本扩增条码测序试剂盒(Rapid Low Input by PCR Barcoding Kit)。
可以购买额外的快速测序接头(Rapid Sequencing Adapter,RAP)(EXP-RAP001)使用快速条码试剂盒(Rapid Barcoding Kit)。
Oxford Nanopore technologies视该产品的使用寿命为自客户收到产品之日起的3个月。
快速条码试剂盒(Rapid Barcoding Kit)包含简单的两步操作,在提取gDNA后,可在10分钟内生成条码测序文库。试剂盒包含一个转座酶,可同时切割模板分子并将条码标签附加到切割末端:试剂盒中有12个独特的条码标签。混合带有条码标签的样本后,将快速测序接头(Rapid Sequencing Adapters)添加到标记的末端。
使用快速条码试剂盒(SQK-RBK004)的实验方案样本 - 仅用于示范
快速条码试剂盒包含十二个专有的条码以及充足的试剂,足以生成6个测序文库。
同时提供测序芯片制备试剂盒扩展包(Flow Cell Priming Kit Expansion Pack)。
FLB:冲洗缓冲液(Flush buffer) | FLT:冲洗系链(Flush tether) |